Sua formação teve como ponto inicial a “Cabana do Mato”, antigo refúgio dos negros escravos fugidos, os quilombos, que, para escapar das violências sofridas no cativeiro, refugiavam-se nesse local. A cabana era cercada por bambus e coberta de sapê, sendo rodeada por um matagal que escondia uma trilha que levava os negros escravos ao esconderijo. Aí eles guardavam uma reprodução em papel da imagem de Nossa Senhora Aparecida. Os negros que ali se refugiavam já deixavam transparecer a tendência religiosa do local
Finda a escravidão, o mesmo tornou-se um referencial para o culto a Nossa Senhora Aparecida, atraindo novos moradores. Nasceu assim um novo bairro. Seus moradores transformaram a “Cabana do Mato” na primeira capela do Bairro do Quilombo. Em 1913, uma nova capela é erguida, transformando a antiga na “Capela dos Milagres”, onde os devotos vindos de todas as partes da cidade depositavam objetos indicativos das graças recebidas. A inauguração da Capela, ocorrida em 8 de outubro de 1917, pode ser considerada como marco inicial do desenvolvimento do bairro. Naquele ano, a cidade era administrada pelo Tenente Coronel Marcello Schmidt que, em sua administração, abriu novas ruas e avenidas, facilitando a comunicação com os demais bairros da cidade.
O ex-bairro do Quilombo, hoje Vila Aparecida, situa-se ao Norte da cidade de Rio Claro, tendo como limites a região central da cidade, a Vila Alemã, a Saibreiro e a Vila Martins. A substituição do nome ocorreu em 1918, partindo a idéia da própria comunidade religiosa que buscava, assim, prestar homenagens a sua padroeira, Nossa Senhora Aparecida.
Impulsionada pelo desenvolvimento da Companhia Paulista de Estrada de Ferro, a Vila Aparecida foi crescendo. A população adensou-se, dinamizando o bairro. Novas residências foram construídas. Instalaram-se casas comerciais que aos poucos estimularam o crescimento do bairro. Hoje, o bairro se destaca pela sua religiosidade, sendo visitado pelos fiéis, sobretudo no mês de Outubro, por ocasião da festa da padroeira.
Josias Roque Carneiro